Divadlo Na zábradlí vzniklo v roce 1958. Jeho zakladatelé – Helena Philippová, Ivan Vyskočil, Jiří Suchý, Vladimír Vodička – dali svému profesionálnímu divadlu název podle uličky vedoucí z Anenského náměstí na nábřeží.
Jako první představení uvedli 9. prosince divadelní leporelo plné písniček Kdyby tisíc klarinetů.
3. března 1959 se k činohernímu souboru divadla připojil Ladislav Fialka se svou pantomimickou skupinou, aby tak vrátil slávu opomíjenému divadelnímu žánru. Činohra a pantomima vedle sebe existovaly až do roku 1991, kdy Ladislav Fialka zemřel.
Na počátku šedesátých let – s příchodem režiséra Jana Grossmana, scénografa Libora Fáry a kulisáka, později dramaturga a dramatika Václava Havla – začalo Divadlo Na zábradlí rozvíjet českou podobu absurdního divadla. (V. Havel: Zahradní slavnost, Vyrozumění; A. Jarry: Král Ubu; F. Kafka: Proces). Divadlu se dostalo značného uznání doma i v zahraničí, přesto v roce 1968 museli J. Grossman a V. Havel z divadla odejít. V sedmdesátých a osmdesátých letech se Divadlo Na zábradlí stalo útočištěm některých filmových režisérů české nové vlny šedesátých let, kterým byla normalizačními praktikami znemožněna filmová práce. Byl to především Evald Schorm, který od roku 1976 vytvořil v Divadle Na zábradlí řadu vynikajících až kultovních inscenací (W. Shakespeare: Hamlet, Macbeth; F. M. Dostojevskij: Bratři Karamazovi; C. Confortés: Maratón).
V roce 1989 se do divadla vrátil Jan Grossman jako režisér a pozdější ředitel, po jeho smrti v roce 1993 bylo jmenováno nové vedení – ředitelka Doubravka Svobodová a umělecký šéf Petr Lébl, jeden z nejtalentovanějších režisérů svébytné imaginace, který provokoval svými interpretačními objevy (J. Genet: Služky; L. Stroupežnický: Naši naši furianti, N. V. Gogol: Revizor, A. P. Čechov: Racek, Ivanov, Strýček Váňa). Po jeho tragické smrti v roce 1999 pokračovalo v hledačské, netradiční linii podoby současného Divadla Na zábradlí umělecké vedení ve složení dramatik a režisér J. A. Pitínský (T. Bernhard: Ritter, Dene, Voss a ; F. Schiller: Úklady a láska, D. Harrower: Nože ve slepicích), herec a režisér Jiří Ornest (J. Bowlesová: V altánu; D. Laneová: Happy End aj.) a dramaturgyně Ivana Slámová.
V roce 2003 vystřídalo tento „triumvirát“ umělecké vedení Ivana Slámová a dramatik a režisér Jiří Pokorný (J.-C. Carriere: Terasa; G. Tabori: Balada o vídeňském řízku; G. Preissová: Gazdina roba aj.), které se pokoušelo texty klasické dramatické literatury prokládat českými i světovými premiérami současných dramatických autorů evropské, angloamerické i české provenience. V letech 2005-2007 iniciovali a se statečnou podporou celého divadla realizovali náročný a ojedinělý divadelní projekt Československé jaro, jehož úkolem bylo uvádět ve světových premiérách původní hry českých a slovenských současných autorů.
Po odchodu J. Pokorného z Divadla Na zábradlí ustanovila jeho ředitelka jako svůj poradní orgán uměleckou radu ve složení Igor Chmela, Juraj Nvota, Jiří Ornest a Ivana Slámová.
S příchodem nového uměleckého šéfa Davida Czesanyho v roce 2010 začalo DNz s tematickými sezónami. Ta první (2010/11) nesla podtitul „Koho nebe přijme?“, následující (2011/12) se vztahuje k veřejnému prostoru a městu jako místu pro život a má podtitul „Čí je to město?“. V rámci těchto podtitulů se uskutečňuje dramaturgický výběr, ale i širší dění kolem divadla, např. výstavy v kavárně a tematické večery s pamětníky jednotlivých městských částí Prahy; v Eliadově knihovně budou s tímto tématem pracovat studenti uměleckých škol, pokračuje tak projekt Eliadova knihovna nové generace, v jehož rámci divadlo uvádí klauzurní práce, autorské projekty či pohádky.
S příchodem Davida Czesanyho se také proměnil soubor, ansambl má tři nové členy – Ivana Luptáka, Natálii Řehořovou a Ondřeje Veselého.
